Há uma grande discussão entre a Secretaria da Fazenda Estadual e a Municipal quando trata-se da tributação sobre softwares, pois há entendimentos divergentes entre a definição de mercadoria (ICMS) ou de serviço (ISS).

No seminário realizado no dia 26 de Junho de 2018, no Centro Brasileiro Britânico, com tema “Diálogos sobre a Tributação de Softwares: ICMS e ISS”, a supervisora fiscal da Secretaria da Fazenda do Estado de São Paulo, Tatiana Martines, afirma que a cobrança tem o respaldo da Lei Kandir (n° 87/96), da Lei nº 6.374 e do STF. “Desde 1998, a Corte considera como mercadoria o software de prateleira”, ou seja, tributado pelo ICMS (imposto sobre circulação de mercadorias e serviços), já o software por encomenda é tributado pelo ISS (imposto sobre serviço).

Por outro lado, o assessor especial da Secretaria Municipal da Fazendo do Município de São Paulo, Alberto Macedo, afirma que para o município o software de prateleira ou por encomenda não são critérios constitucionais. Alberto Macedo, descreve em seu artigo “Licenciamento de software não pode ser considerado mercadoria virtual” publicado no ConJur que “No mercado de software, este nunca foi objeto de compra e venda, e sim de licença de uso, conforme o artigo 9º da Lei 9.609/1998, que prevê que “o uso de programa de computador no País será objeto de contrato de licença”. E se não há transferência de titularidade, já falta um dos requisitos para que o software possa ser considerado mercadoria”. Concluindo que o bem imaterial no licenciamento de software não é o software e sim o uso deste, sendo tributado somente pelo ISS.

Como ainda não há definição, as operações com software ainda são passíveis de tributação pelo ICMS ou pelo ISS, cabendo o contribuinte de forma mediadora, tributar o suporte físico ou o software de prateleira pelo ICMS e o software por encomenda ou o licenciamento ou cessão de direito de uso de programas de computação, pelo ISS, diminuindo o conflito de tributação em suas operações.

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